Флората и растителността в Национален парк Пирин са се формирали в дълъг период от време при изключително специфични условия. На територията на парка съществува ясно изразена вертикална зоналност на растителността. Добре обособен е иглолистният пояс, който в голяма степен е уникален, поради участието на всички видове бор, срещащи се в България. в този пояс участват практически всички видове наши иглолистни дървесни видове: клек, тис, бял и черен бор, обикновена ела, обикновен смърч, двата ендемични вида бор - бяла мура и черна мура, синя и сибирска хвойна. Горната граница на иглолистния пояс съвпада с линията, до която достига високостъблената гора и преминава в следващият височинен пояс - субалпийският. Той е зает от съобщества на клека и отчасти на сибирската хвойна. У нас само в Пирин и Рила клекът образува компактен пояс над горната граница на гората, приблизително между 1900-2000 м и 2500 м н.в. Отделни малки групи и единични индивиди от клек се изкачват и до 2700 м н.в. Общо поясът на субалпийските формации -клеково-хвойновите храсталаци, субалпипските поляни, каменисти петна и др., обхваща около 30 % от площта на Националния парк.Този факт, както и противолавинното и противоаерозионното значение на клека определят стойността на този пояс и в частност формациите на клека.клекът(Pinus mugo Turra) е силно разклонен храст с височина до 5 м. По рядко се среща като дърво, достигащо до височина 10 м. в сравнение с останалите борове в България, той се отличава с изключително бавен растеж. кората на старите клекови клони се отделя под формата на неправилни късове, клоните са изключително жилави. Пъпките са заострени и силно засмолени. Иглиците са дълги от 2 до 5 см., слабо усукани и са еднакви на цвят от всички страни. Шишарките са събрани под връхната пъпка в групи от 2 до 4 на брой. Младите шишарки са виолетови на цвят. След узряването стават лъскави и тъмнокафяви, и достигат ширина до 3 ст. Пънчето на шишарковата люспа е сиво или светлокафяво и е заобиколено от сивочерен пръстен. клекът започва да плодоноси сравнително рано и ежегодно, Първите репродуктивни органи се появяват още на шестата година. Шишарките узряват и се разтварят през октомври, като след разпръскването на семената се запазват дълго време върху дървото. Обширните и непроходими формации на клека за характерни само за Рила и Пирин. Единични екземпляри или малки клекови групи се срешат в Централна и Западна Стара планина, Витоша и Западни Родопи. Видът е разпространен в планините на Средна Европа, Апенинския и Балканския полуостров, като най-източните находища на клека са в България. във вертикалното разпределение на клековите съобщества в Национален парк Пирин се забелязва, че тези с участието на боровинка и горската светлика, заемат по-ниските части на клековия комплекс. С повишаване на надморската височина и в зависимост от изложението преобладаващите тревни видове се променят. в приземния етаж с най-широко участие са качулатата гъжва, картълът, скалната полевица и извитата острица. По сипеите и скалите клековите комплекси не са компактни и се редуват със съобщества, формирани от тревни видове. Тази характерна структура се наблюдава в почти всички циркуси - Бъндеришки, Георгийски и др. в границите на парка се забелязва трайна тенденция към навлизането на сибирската смрика в клековата зона, там където плътният клеков комплекс е нарушен. За отбелязване е и фактът, че е налице много добро естествено възобновяване на клека и постепенното колонизиране от него на нови територии.